מולקולה, או פרודה, היא היחידה הבסיסית ביותר של החומר. אם מפרקים מולקולה של חומר מסוים למרכיביה, המרכיבים נחשבים לחומרים אחרים. הדרך המקובלת לציין אילו יסודות (חומרים) מרכיבים מולקולה מסוימת היא בעזרת נוסחה מולקולרית. נוסחה זו מפרטת כמה אטומים מכל יסוד מרכיבים את המולקולה.

לדוגמה:

מולקולת מים, המורכבת משני אטומי מימן ואטום חמצן, נכתבת H₂O.

מולקולת גלוקוז (סוכר ענבים, הסוג הנפוץ ביותר של חד-סוכר), שיש בה שישה אטומי פחמן, שישה אטומי חמצן, ושנים-עשר אטומי מימן, נכתבת C₆H₁₂O₆.

ישנם חומרים שאינם מופיעים בטבע בצורת מולקולות בודדות, אלא כמוצקים שמורכבים ממספר עצום של אטומים. אלה מתוארים לרוב על-ידי הנוסחה האמפירית, שלא מציינת את המספר המוחלט של אטומים במולקולה אלא את היחס הכמותי בין היסודות המרכיבים את החומר.

לדוגמה:

מלח שולחן נכתב כ-NaCl, מכיוון שזהו גביש שבו על כל יון (אטום הנושא מטען חשמלי) של נתרן יש יון אחד של כלור.

קוורץ (בדולח) הוא גביש שבו על כל אטום סיליקון יש שני אטומי חמצן, ונוסחתו היא SiO₂. אותה נוסחה משמשת גם עבור זכוכית, שהרכב היסודות שלה זהה אך האטומים בה אינם מסודרים במבנה גבישי.